2010年10月19日，南京雨花台中学建成“雨花石文化博物馆”。2011年，被国土资源部授予“国土资源科普基地”称号。2016年，在原有基础上进行了改造和扩建，异地再建一座400多平方米的新展馆。作为全国首座中学校园内“雨花石文化博物馆”的建成意义非凡，它是向中学生传播雨花石文化的绝佳平台。

2016年5月8日，时任中国国土资源部副部长曹卫星，中共南京市委常委、常务副市长刘以安特为新馆揭牌，更增添了此馆的教育意义。2015年3月，“雨花石文化博物馆”被南京大学地球科学与工程学院授予“科普教育基地”；2016年1月又被南京民盟授予“科普教育基地”。

馆前由全国著名书法家，江苏省书法家协会副主席言恭达先生题写的“雨花石文化博物馆”八个金光闪闪、苍劲有力的大字，为博物馆豁然增色。博物馆内面积近400平方米，整齐、有序地摆放着38节展柜、12个展示橱窗。第一部分为“序馆”，陈列了周汝昌、寿嘉华及穆耕森校长等手书的6幅题词。另有阐述雨中人校园石文化理念和雨花石历史的两块大型展板。

博物馆还有成之妙厅、赏之美厅、论之佳厅、鉴之雅厅、藏之奇厅，共计6大功能区域，陈放着200多枚晶莹剔透，美妙绝伦的雨花石与几十枚珍贵、稀有的化石标本和十八方形态各异的奇石，装点着文化博物馆的气氛，为雨花石馆增光添彩。

近十年来，南京雨花台中学的“雨花石文化博物馆”共举办了19期雨花石展览活动，接待了6万多人次与几十批国内外教育界人士的参观，出版了12本雨花石书籍，6本《雨中石韵》、5本雨花石讲课教材、1本《石说南京》。

雨花石的天然艺术，不愧为超群出众，她那匪夷所思的奇特图案，天成幻出的绚丽色彩架起了人与自然和谐共存的桥梁，也架起了全校师生与雨花石的认知桥梁。2013年12月江苏省教育界对全省中学的文化特色教育进行了评审，雨花台中学一举夺得先进单位，获得省教育厅授予特色文化教育基地称号，并荣获特色文化教育一等奖。

沧海桑田，斗转星移，走进雨花台中学雨花石文化博物馆，欣赏灵石之美，体悟尚雅情怀，让人蠡探生命的轮回与伟大。